از جمله بهترین دانشگاه های مالزی دانشگاه پوترا مالزی است که با پرش خوبی در رتبه بندی 2016-2017 از جایگاه 331 ام به 270ام جهان قرار گرفته است.
این دانشگاه که به عنوان یکی از دانشگاه های پیشرو در پژوهش به شمار می آید، در سال 1931 در شهر سردانگ و با دانشکده کشاورزی شروع بکار کرد. این دانشگاه بنا به عملکردش در رتبه بندی های موضوع ها، از ۱۹ موضوعی که UPM به طور بین المللی رتبه بندی می شود، در ۱۰۰ دانشگاه برتر برای کشاورزی و جنگلبانی قرار دارد.
دانشگاه تکنولوژی مالزی (UTM) میان ۳۵۰ دانشگاه های برتر دنیا قرار دارد، که به صورت مشترک ۲۲۸ مین مورد رتبه بندی شده است و در ایالت جوهور بارو قرار دارد. UTM به عنوان قدیمی ترین دانشگاه دولتی مهندسی و تکنولوژی در کشور در بخش تحصیلات فنی تخصصی شروع بکار کرده است و بخش مهندسی کامل و جامعی را ارئه می دهد. این امر در رتبه بندی های موضوعی منعکس می شود، که این دانشگاه ۱۲ بار و در ۱۰۰ مورد برتر برای کشاورزی، مهندسی برق و مهندسی شیمی ظاهر شده است.
دانشگاه کبانگ سان مالزی (UKM) در بنگی، سلانگور، تقریباَ ۳۵ کیلومتری جنوب مرکز شهر کوالالامپور قرار دارد. دانشگاه کبانگ سان مالزی (UKM) به طور مشترک در رده ۳۰۲ جهان قرار دارد. این دانشگاه میزبان جامعه دانشجویی بیش از ۲۲۶۰ است، و بخصوص برای دوره های قوی در رشته های تحصیلی سیاست، مهندسی، حقوق و ریاضیات به خود می بالد. دانشگاه کبانگ سان مالزی همچنین دارای یک دانشکده تحصیلات تکمیلی در پردیس اصلی خود و دانشکده پزشکی واقع در حومه ی چراس، با یک شعبه از پردیس در مرکز می باشد.
دانشگاه ساینس مالزی (USM) که به عنوان دانشگاه علوم مالزی نیز شناخته می شود، در حال حاضر رتبه ۲۸۹ ام جهان را داراست و میان ۵۰ دانشگاه برتر دنیا برای دوره های مهندسی شیمی خود مطابق آخرین رتبه بندی های QS دانشگاه های دنیا بواسطه موضوع، با وجود ۲۲جایگاه در رتبه بندی کلی قرار دارد. دانشگاه دارای سه پردیس است، که پردیس اصلی آن در پنانگ، پردیس بهداشت و سلامتی در کلانتان و پردیس مهندسی در نیبانگ تیبال قرار دارند. این دانشگاه همچنین در نظر دارد یک پردیس جهانی را در مرکز افتتاح کند.
دیگر دانشگاه های مالزی در رتبه بندی های QS دانشگاه های جهان بدین صورت نمایان می شوند: دانشگاه اسلامی بین المللی مالزی (۶۵۰-۶۰۱)، دانشگاه جدید الورود پتروناس تکنولوژی (پتروناس، همچنین ۶۵۰-۶۰۱)، دانشگاه تکنولوژی (MARA-UiTM) در رتبه 701+ و دانشگاه آتارای مالزی (UUM) که همچنین در رتبه ۷۰۱+ قرار دارد. دانشگاه دیگری در مالزی که به دلیل موقعیت های تأثیر برانگیز خود در رتبه بندی های دانشگاه های جهانی QS بواسطه موضوع در این سال لازم به ذکر است، دانشگاه چند رسانه ای در ملاکا است که در نیمه راه بین کوالالامپور و جوهور بارو ست.
بسیاری از دانشگاه های خصوصی در مالزی گزینه مدرک «دو تایی» یا «۱+۲» را ارائه می کنند. این ایده در مالزی به مدت حدوداَ ۲۰ سال اجرا شده است، و به دانشجویان اجازه می دهد تا بخشی از مدرک خود را در مالزی و بخشی را در مؤسسه شریک در کشور دیگر تکمیل کنند. این گزینه بدین دلیل شهرت یافته است که فرصتی برای کسب درجه معتبر توسط یک دانشگاه شناخته شده در مقصد و برای تحصیلات عالی ( همچون UK، US، استرالیا، نیوزلند، فرانسه یا آلمان) بدون پرداخت کل هزینه های تحصیل خارج از کشور برای کل دوره فراهم می سازد.